陸上競技部
『感謝の気持ちと負けない心』をチームのモットーとし、大会に向けて切磋琢磨しています。１人ひとりが目標を持ち、また互いに刺激し合って練習することにより、県大会で個人・団体で上位の成績を収めたり、近畿大会や全国大会に出場したりしている選手もいます。文武両道を大切にし、平日2時間、休日3時間の集中した練習で学習時間も確保しています。陸上競技を通して人間性が高まることを期待しています。
硬式野球部
野球を通じた人間形成を目的とし、目標を甲子園出場に掲げ、文武両道の精神のもと活動しています。全ての行動を甲子園出場に合わせ、課される練習ではなく、自分たちで考え、ミーティングを繰り返すことで、飛躍的な成長を目指しています。普段の練習から甲賀スタジアムを使用、地域に支えられた体作り（食育）、強豪校との練習試合、そして夏の大会で安定したパフォーマンスを発揮できる人間力。様々な取り組みの結果、2017年度夏ベスト４まで登りつめました。必ず甲子園出場を成し遂げるべき、「心ひとつに」という言葉をスローガンに頑張っています。
卓球部
男子は団体ベスト８、女子はベスト４を目指して日々練習を頑張っています。週5日と練習できる日が少ない中、集中してやることで競技力を向上しています。
近年では、男女とも近畿大会への出場を果たしています。また、全国選抜シングルス予選の県大会でも上位の成績を収めています。
勉強と部活動の両立をする中で、自分たちの目標を達成したいと考えて活動しています。
ワンダーフォーゲル部
ワンダーフォーゲル部は、四季をとおして登山やキャンプをして大自然を楽しむ活動をしています。日頃は、登山に必要な体力トレーニング・天気図作成・地図を読む練習などをして、休日には県内の山に登ります。夏には北アルプスなどに合宿に行きます。合宿ではビックリするような満天の星や雷鳥にも会えます。また感動的なご来光など日常生活とは別次元の素晴らしい体験ができます。登山の大会もあり、近畿大会でも入賞しています。
剣道部
剣道部は「堅忍不抜」の精神で日々稽古に励み、毎日の稽古ではそれぞれ目標をもって臨み共有することで団結力を高めています。剣道を通して礼儀作法を学び、感謝の気持ちを忘れず一生懸命取り組んでいます。昨年はチームの目標にしていた近畿大会にも出場できました。現在少人数ではありますが、中学生とともにお互い教えあいながら楽しく活動しています。
サッカー部
サッカー部では、『文武両道』をモットーにチーム全員で活動しています。競技面では、個々のレベルアップ、チーム力の向上、県大会ベスト８を目標に日々練習に取り組んでいます。また、活動を通して身につけた最後までやりぬく力を学習面でも活かし希望進路を実現します。常に感謝の気持ちを忘れず活動することで人間的にも成長できるような活動を心掛けています。
男子バスケットボール部
男子バスケットボール部は、県ベスト８を目指して、日々練習に励んでいます。
部員全員が大きな声を出し、真摯にバスケットボールと向き合っています。
女子バスケットボール部
Ｈ２７年度に同好会として活動を発足し、Ｈ２８年度から部に昇格しました。初心者も多く何事も一から始める状況でしたが、一生懸命活動しています。活動時間も短く、部としてもまだまだ成長途中の部ですが、部員の人間的な成長を一番の目標として活動しています。
硬式テニス部
高体連やテニス協会主催のジュニア大会など、年６回の大会に参加し、近畿大会や全国大会出場を目標に、部員同士お互いに切磋琢磨し、熱心にスポーツの森で活動を続けています。高校からテニスを始めた部員も多いため、初心者も大歓迎です。
女子バレーボール部
バレーボール部には、今までの先輩方から「声(せい)心力(しんりょく)」という言葉が伝えられています。
目まぐるしく変化する相手の攻撃体形を確認し、自分たちの守備を固め、ボールをつなぎながら、効果的な攻撃を仕掛けていく。時には自分たちの気持ちを奮い立たせ、みんなの気持ちを一つにまとめていく。試合をするたびに「声」による連携の大切さを実感します。
私たちはこれからも、先輩から受け継いだ「声心力」を大切にして日々の練習に励んでいきます。
ソフトテニス部
私たちソフトテニス部は、『文武両道』・『じりつ（自律・自立）』を目的に、日々、計画・実行・改善をソフトテニスを通じて実践しています。「当たり前のこと」＝「確実に実行すること」を徹底し、責任感と達成感を感じることで『自信（自分を信頼でき、信じられる）』をつけています。ソフトテニスが大好きで、「自ら考え、工夫する」そして、積極的にテニスをしたい貴女。部員一同、一緒にソフトテニスが出来ることを楽しみにお待ちしています。
水泳同好会
学校内での練習はありませんが、インターハイを目標にそれぞれがスイミングスクールで練習をしています。人数も少なく練習場所も違いますが、試合ではリレーを組み、チームが一つとなって応援をしています。
吹奏楽部
水口東高校吹奏楽部は、お客様の心に届く音楽を目標に活動しています。日々個人で鍛錬を重ね、合奏では互いの音をとことん聴き合って響かせることを意識してサウンド作りをしています。また、演奏しながら隊形移動などをおこなうステージ・ドリルを取り入れた演奏にも挑戦し、東京ディズニーシーや関西マーチングフェスティバル等、校外に出て積極的に披露してきました。こうした練習や演奏会の企画を行う中で、苦労することもありますが、その度に互いに成長し、高め合って活動しています。
演劇部
演劇部は、初心者から入部することができます！新入生歓迎公演や他校との合同発表会、文化祭や県大会での発表を行っています。その他にも、地域の発表会などで忍者ショーを行ったり、司会進行をしたりすることもあります。また近年、近畿大会にも何度か進み、他府県とともに上演も行っています。ステージに立ってみたい人、音響や照明の操作をしてみたい人、大道具や小道具・衣装を作ってみたい人、高校で新しい分野に挑戦してみたい人、ぜひ気楽に楽しみながら、一緒に観客の心に残る舞台を創ってみませんか。
写真部
携帯電話（スマートフォン）の普及により、「写真」はとても身近なものになりました。本校写真部では、写真の好きな部員たちが、それぞれの個性や好みを最大限に活かした作品づくりを心がけて活動しています。ミーティングと技術指導講習会を中心に、土日や長期休暇中に撮影会を実施したり、部活動内で発表会をしたりすることもあります。また、近年では滋賀県高等学校総合文化祭で推薦（第一位相当）に選ばれ、全国高等学校総合文化祭にも出場しています。
コンピューター部
コンピューター部は、高校生だけの部活です。「制限時間内にいかに速く、ミスなく入力して文書を作りあげるか」を目標にスピードと正確さにこだわって日々の練習に取り組んでいます。練習の成果は、ワープロの競技大会等に出場し、毎年優秀な成績を収めています。平日の１時間程度の活動です。気軽に参加してください。
科学部
科学部は中学生と高校生が一緒に活動しています。中高で交流する中で、科学への興味を共有したり刺激をうけたりすることができます。
主な活動は、プラネタリウム作製・解説、科学実験、科学研究などです。科学研究の成果は春や秋の大会で発表します。甲賀市まなびの体験広場（忍の里プララ等）や青少年のための科学の祭典（彦根会場）にも出展・参加しています。
合唱部
合唱部は、聴いてくださる方の心に響くハーモニーを目指して、にぎやかに活動しています。新入生歓迎コンサートや文化祭、ＮＨＫ全国学校音楽コンクール、滋賀県高総文祭などの行事に向けて日々練習しています。毎年近畿高総文祭や全国高総文祭への出場も果たしており、特にコンクールに向けてはさらに高いレベルを目指し部員全員が切磋琢磨しあっています。3月の定期演奏会では、照明や衣装、演出にも工夫を凝らし、J-popやアニメソングも披露してお客様も一緒に楽しめるステージを作り上げています。
美術部
高校美術部では、大きなサイズの油絵に挑戦したり、デザインや立体など、自分の表現したい内容に合った材料や技法を模索したりして、どうすれば観る人の心を魅了する作品づくりができるかを考えながら制作に励んでいます。東風祭や滋賀県高総文祭への出品、市展や県展等の公募展への出品の他、３月の中高合同作品展「轍展」も開催しています。また、夏休みには美術館での鑑賞会やスケッチ会なども行っています。
書道部
書道部は中高合同で活動しています。滋賀県書道の“書の友”、“書朋”の課題を中心に練習し、昇級昇段を目指して活動しています。硬筆や毛筆で基礎を学び、美しい文字を書くことだけでなく、詩文書やロウ書きなどに挑戦することで自分なりの表現の探求にも努めています。また毎年の文化祭や、地域の行事に呼んでもらった際には書道パフォーマンスを披露しています。大きな筆とバケツにいっぱいの墨で全身を使って書き上げます。大作を仕上げる達成感を分かち合えるのは部活動ならではの喜びです。
茶華道部
茶華道部（さかどうぶ）は茶道部と華道部が一つになったクラブです。両方の活動をすることも、どちらか一つの活動にすることも、希望により可能です。華道、茶道ともに外部講師の方に週１回指導に来ていただき、希望すればお免状を取得することもできます。文化祭では、華道の展示発表とお茶会でお手前を披露しています。部員たちは、お花もお茶も季節を感じながら、心がゆったりとする大切な時間を過ごしています。
文芸部
文芸部は、小説や詩、短歌を書いてその作品をまとめた文芸誌を制作しています。滋賀県高総文祭では上位入賞し、全国大会出場も果たしています。部員はみんな仲が良く、日々アットホームな雰囲気で創作活動に励んでいます。
ESS部
英語を使って、ゲームやクッキング、留学生との交流や映画や音楽を使った活動を中心に楽しく活動しています。放課後の活動では、ALTの先生から英会話の表現、発音、外国の文化を直接学び、生きた英語を身につけることのできる活動を行っています。
近年では、ミしがンカップ滋賀県高校生英語スピーチコンテストに入賞したり、朝日大学の英語弁論大会に出場したりするなど、スピーチやプレゼンにも挑戦しています。
MSGC（グローバルスタディチーム）
主に国際問題や多文化共生について調査、研究するチームです。甲賀市は外国籍の移住者が多い地域です。多様な国籍の人々がそれぞれの文化や習慣を尊重されながら、より快適に過ごせるよう、様々な課題について研究を行っています。部活動ではないので、他の部活動をしながらの活動も可能です。研究、提案事項は、大学などで発表したり、地域の国際イベントに参加して紹介したりしています。他府県の高校生や多国籍の人々と交流できることも魅力です。